Die 'Bereinigung' bezieht sich auf die Datenbank und auf die alten Verzeichnisse der JG3. Wenn du im letzten Schritt aber 'End migration and delete progress' angeklickt hast kannst du nicht mehr dahin zurückkehren.
Die JG3 existiert noch in der Live-Site auf Joomla 3 in einem separaten Verzeichnis auf dem Server.
Dann könnte man die Migration mittels Variante 2 jederzeit nochmals durchführen. Da bei dir alles funktioniert ist das aber nicht notwendig.
Welche Einstellungen hast du sonst benutzt?
Hast du die Migration nun auf die neue Ordnerstruktur durchgeführt?
Bei 'Image usage' den Kopieren-Modus?
Wenn beides ja, kannst du die alten Verzeichnisse (mit den IDs am Ende) löschen.
Bevor ich die Sachen endgültig lösche würde ich die Ordner erstmal nur umbenennen und schauen ob noch alles funktioniert.
In der Datenbank haben die alten JG3-Tabellen die Endung '_old'. Auch diese Tabellen kannst du löschen.
Lässz sich zumindest das "JoomGallery" irgendwie im Menü entfernen?
Im Menü nicht, aber die könntest ein Template-Override vornehmen, schau mal hier: